Margarida nasceu em 1255, na Palestina. Pertencente a uma nobre família, ficou órfã perdendo, primeiro, seu pai e, em seguida, sua mãe. Foi colocada sob a tutela do irmão mais velho, João, duas vezes senador em Roma.

Ao completar dezoito anos, João pensou que era tempo de casá-la. Recusando a oferta de um casamento vantajoso, Margarida contou com o apoio de Tiago, seu irmão que terminava os estudos em Bolonha. Margarida e Tiago estavam apaixonados pelo ideal franciscano.

Em março de 1273, Margarida estava animada no seu propósito por uma aparição de Maria Santíssima. Desse modo, retirou-se para o convento de Clarissas de Castel San Pietro. Obteve de Jerônimo de Áscoli, ministro geral dos Frades Menores, autorização para se transferir para Santa Clara de Assis, porém, sua saúde não lhe permitiu permanecer lá.

Instalou-se no Santuário de Mentorella, mas, após um tempo, acabou por voltar definitivamente para Castel San Pietro. Não estando sujeita à clausura, entregou-se às obras de caridade, principalmente junto dos enfermos que estavam acometidos por graves doenças decorrentes de pandemias que assolavam aquele tempo. Recorreu também em ajuda aos franciscanos de Zagarolo. Diante de uma necessidade, acolheu em sua casa um leproso de Poli, onde comeu e bebeu no mesmo prato.

Acometida por uma úlcera em seu estômago, sofreu fortes dores por três anos, até que, em 30 de dezembro de 1280, faleceu. Foi enterrada na igreja de Castel San Pietro. Em 1285, as clarissas de Castel San Pietro receberam o mosteiro romano de São Silvestre em Cápite, para onde levaram as relíquias da Beata Margarida.

Beata Margarida Colonna, rogai por nós!